A spanyol színész 20 évig élt együtt élete szerelmével, Melanie Griffith-szel, de 2015-ben elváltak.

Azóta is jóban vannak és ha idejük engedi, találkoznak. Banderas a hétfő esti Emmy-díjátadó után mesélt arról az Entertainment Tonightnak, hogy soha nem fognak elmúlni az érzelmei ex feleségével szemben, mindig is szeretni fogja. Mellette állt, amikor kiderült, hogy bőrrákja van és ezen a héten is találkozni fognak.
A színész egyébként válása után újra meglelte a boldogságot, barátnőjével, Nicole Kimpellel azonban nem tervez házasságot.